9 августа президент Борис Ельцин назначил директора ФСБ Владимира Путина первым заместителем и исполняющим обязанности председателя правительства Российской Федерации вместо Сергея Степашина. В тот же день в своём телеобращении Ельцин назвал Путина своим преемником. По словам Ельцина, он искал подходящую кандидатуру несколько месяцев, рассмотрев множество вариантов. Сразу после назначения Путин ответил утвердительно на вопрос журналиста, намерен ли он в будущем баллотироваться на президентский пост. 16 августа он был утверждён Госдумой в должности председателя правительства.
На этом посту Путин организовал и возглавил военную операцию против боевиков на трёх театрах военных действий — в Ботлихе, Кадарской зоне и в пограничном с Чечнёй Новолакском районе. К 15 сентября боевики были полностью изгнаны за пределы Дагестана. Неоценимую помощь российским войскам оказали местные жители-ополченцы. Через двадцать лет, в 2019 году, Путин поручил приравнять к ветеранам боевых действий ополченцев, принимавших участие в боевых действиях в составе отрядов самообороны Республики Дагестан.
31 декабря 1999 года в связи с досрочным уходом Ельцина в отставку Путин приступил к исполнению обязанностей президента. В 11 часов утра в своём кабинете в Кремле Ельцин в присутствии Патриарха Московского и всея Руси Алексия II передал полномочия Путину. При этом Путин получил у Патриарха православное благословение на предстоящий труд по управлению страной. В 12 часов дня, экстренно прервав эфир, российские телеканалы передали новогоднее обращение Ельцина, в котором он сообщил о своей отставке и назначении преемника. В тот же день Путин отправился в Чечню, где поздравил военнослужащих и вручил награды.
Первым государственным актом, подписанным Путиным на посту и. о. президента РФ, стал указ «О гарантиях президенту Российской Федерации, прекратившему исполнение своих полномочий, и членам его семьи». Указ предоставлял бывшим российским президентам (на тот момент таким был только Ельцин) гарантии неприкосновенности и другие преференции. В 2001 году Владимир Путин подписал аналогичный федеральный закон.
На президентских выборах 26 марта 2000 года Владимир Путин одержал победу в первом туре, набрав 51,95 % голосов. 7 мая 2000 года он вступил в должность.
14 марта 2004 года Путин был избран президентом на второй срок, получив 71,31 % голосов.
В этом году Владимир Путин избран президентом России на новый срок с результатом 87,28%, явка на выборах главы государства составила 77,49%.