18 июня 1698 года Петр I разбил под Новоиерусалимским монастырем войско взбунтовавшихся стрельцов, пытавшихся посадить на русский престол царевну Софью Алексеевну, сестру Петра. Когда стрельцы взбунтовались в третий раз, этот очередной их мятеж окончательно допек Петра I. Поводом для стрелецкого возмущения стало решение передислоцировать стрелецкие части в город Великие Луки для защиты западных границ.
Сначала они отправили делегацию с петицией в Москву. Но царь Петр в это время постигал премудрости флотостроения за границей, а без него никто не захотел заниматься стрелецкими проблемами.
6 июня 1698 году недовольство стрельцов переросло в бунт, они взяли оружие и отправились строем в Москву. 18 июня 1698 года их встретили у Новоиерусалимского монастыря верные царю части в составе «потешных» полков и дворянского кавалерийского ополчения под руководством А.С. Шеина и П. Гордона. (2300 человек в составе «потешных» полков и дворянское кавалерийское ополчение). Стрельцы не стремились воевать, поэтому были быстро рассеяны залпами артиллерии и побежали. Кавалерия согнала их в одно место, где они были арестованы и отданы под суд. Шеин и Ромодановский прямо в поле провели дознание и тут же повесили 57 стрельцов, признанных зачинщиками мятежа.
Известие об очередном стрелецком бунте застало Петра I в Австрии. Он немедленно отправился на Родину. Но когда приехал, все уже закончилось. Складывается впечатление, что Петр решил раз и навсегда покончить со стрелецким источником смут. Он распорядился провести новое масштабное следствие, а для этого даже приказал выстроить в Преображенском разбойном приказе 14 новых пыточных камер. 4 тысячи арестованных стрельцов угодили в настоящий конвейер пыток и допросов. Благодаря их признаниям, полученным под пытками, стрелецкий бунт обрел новые политические мотивы. Якобы стрельцы предполагали свергнуть Петра I и возвести на престол Царевну Софью, после чего предать огню Немецкую слободу и уничтожить всех иностранцев в Москве.