Флот нужен был России для защиты государства и укрепления его могущества. 2 февраля 1701 года Петром I был издан Указ, в котором царь повелевал начать строительство на Ладожском озере шести 18-пушечных кораблей и 9 вспомогательных судов. Таким образом, было положено начало Балтийскому флоту. Петр I понимал, что от сильного военно-морского флота зависит экономическое, политическое и культурное будущее России. Главная база флота располагалась в Кронштадте.
Зимой 1702 года начали строить верфь на реке Сясь, впадающей в Ладожское озеро. В 1703 году в Лодейном Поле на реке Свирь была заложена Олонецкая верфь. Здесь было заложено 7 фрегатов, 5 шняв, 7 галер, 13 полугалер, 1 галиот и 13 бригантин. Ещё одну верфь заложили на реке Волхов. Корабли, построенные на этих верфях, стали основой Балтийского флота. 22 августа 1703 года на Олонецкой верфи был спущен на воду первый корабль — 28-пушечный фрегат «Штандарт».
Боевая история Балтийского флота началась победой во время 20-летней Северной войны над флотом Швеции. Далее были успешные морские походы 1813-1814 годов.
Созданный Петром I флот славен не только одержанными им победами во время военных действий. Балтийский флот внёс огромную лепту в мировую географическую науку своими экспедициями, изобретениями, открытиями. Балтийский флот прославили выдающиеся личности — И.Ф. Крузенштерн, Ф.П. Литке, Ю.Ф. Лисянский, Ф.Ф. Беллинсгаузен, А.А. Попов, С.О. Макаров и многие другие.
Корабли балтийского флота XIX столетия были броненосными. Большая их часть в составе Второй Тихоокеанской эскадры была потеряна в русско-японской войне 1904-1905 годов. В начале 1910-х годов флот отстроили заново.
В 1918 году Балтийский флот был переименован в Морские Силы Балтийского моря. С момента основания и до 1950-х годов являлся самым крупным и боеспособным соединением военно-морского флота страны. С реализацией программы строительства океанского флота утратил свое первостепенное значение, но и сегодня является основной учебной базой и «кузницей кадров» для ВМФ России.
Штаб-квартира Балтийского флота расположена в Калининграде.