21 января 1775 года в Москве на Болотной площади (место, где тогда в столице совершались публичные наказания) состоялась казнь Пугачева и других приговоренных – Афанасий Перфильев, М. Шигаев, Т. Подуров и В. Торнов.
По рассказам современников (переданных, в частности А.С. Пушкиным в его «Истории Пугачёва»), на казни бунтаря присутствовало очень много народу, стоял лютый мороз. По прочтении манифеста Пугачев, стоя на эшафоте, перекрестился на соборы, поклонился на все стороны и покаялся перед народом.
Затем отрубленная палачом голова была показана народу и оказалась на спице, остальные части тела – на колесе. Перфильева казнили так же, Шигаев, Подуров и Торнов были повешены. Кстати, палач имел тайное указание от Екатерины II сократить мучения осужденных, поэтому Пугачеву с Перфильевым сначала отсекли головы, а лишь потом четвертовали. Их отрубленные члены разнесли по московским заставам и через день сожгли, и палачи развеяли пепел. Так кончился мятеж, начатый горсткой непослушных казаков, но взволновавший страну от Сибири до Москвы и от Кубани до Муромских лесов. Окончательное спокойствие еще долго не водворялось. Панин и Суворов почти год усмиряли неспокойные губернии, утверждая в них ослабленное правление. По завершении Пугачевского бунта, Екатерина II опубликовала манифест, в котором это восстание предавалось «вечному забвению и глубокому молчанию». Причем, желая истребить воспоминание об ужасной эпохе, она даже велела переименовать Яицкий городок в Уральск и реку Яик в Урал.