21 февраля 1784 года согласно указу Екатерины II порт и крепость в Крыму получили название Севастополь.
8 апреля 1783 года Екатерина II издала Манифест «О принятии полуострова Крымского, острова Тамана и всей Кубанской стороны под Российскую державу». И сразу же на полуостров распоряжением императрицы был направлен фрегат «Осторожный» под командованием капитана II ранга Ивана Берсенева для выбора гавани у юго-западного побережья, на котором предполагалось построить стратегически необходимый военный порт. Осмотрев в апреле 1783 года бухту у поселка Ахтиар, расположенную неподалеку от развалин древнего города Херсонеса-Таврического, Берсенев рекомендовал ее в качестве базы для кораблей будущего Черноморского флота.
2 мая 1783 года в Ахтиарскую бухту вошли 11 кораблей Азовской, а затем 17 кораблей Днепровской флотилии. 6 мая командующий русским флотом вице-адмирал Федот Алексеевич Клокачев лично осмотрел Ахтиарскую бухту, о которой в письме вице-президенту Адмиралтейств-коллегии графу Чернышеву отозвался следующим образом: «Могу сказать, что во всей Европе нет подобной сей гавани — положением, величиной, глубиной… Без собственного обозрения нельзя поверить, чтоб так сия гавань была хороша… Ежели благоугодно будет Ея Императорскому Величеству иметь в здешней гавани флот, то на подобном основании надобно здесь будет завести порт как в Кронштадте».
8 мая 1783-го года вице-адмирал Клокачев уехал в Херсон, чтобы принять там руководство всем флотом. Вместо себя командовать стоящей на Ахтиарском рейде эскадрой он оставил контр-адмирала Фому Мекензи.
3 июня 1783 года на западном берегу Южной бухты моряки заложили три первых каменных дома: часовню, кузницу для Адмиралтейства и дом для контр-адмирала Мекензи. В южной части гавани, на Николаевском мысу, начали строить деревянный шлюпочный причал и лестницу. Этот день — 3 июня (14 июня по новому стилю) — стал днем основания города.
Фактически первым главным командиром Севастопольского порта стал контр-адмирал Фома Фомич Мекензи (Томас Маккензи, шотландец на русской службе). Под его руководством судовые команды расчищали берега от леса, начали строить магазины, госпиталя, казармы и жилые дома для офицеров, устраивать каменоломни и печи для выжигания извести. В результате скоро местное хозяйство стало давать большую часть предметов, необходимых для снабжения флота и существования экипажей. Так началась новая страница в истории Гераклейского полуострова, который в древности был территорией Херсонеса Таврического. Русские моряки обосновывались в Ахтиарской бухте всерьез и надолго.
Первоначально город назывался Ахтиар (по имени расположенного неподалеку от него прибрежного татарского селения Ак-Яр, что в переводе означает «белый овраг»).
10 февраля (21 февраля по новому стилю) 1784 года указ Екатерины II, повелевающий основать в Ахтиарской бухте «военный порт с адмиралтейством, верфью, крепостью и сделать его военным городом», узаконил рождение нового города и повелел впредь именовать его Севастополем.
Севастополь, как и многие другие города «вновь присоединенного края» (Симферополь, Мелитополь, Ставрополь, Александрия), был назван на античный манер, что было связано с желанием Екатерины воссоздать на черноморском побережье подобие Константинопольской империи. Слово «Севастополь» происходит из греческого языка. Древнегреческое слово «Себастос» — эквивалент латинской титулатуры «Август», означающее «священный»… священный город или город достойный поклонения. Таким его хотела видеть Россия, таким он и станет в будущем… Название новой твердыни изначально определило ее роль для Отечества.
Через двенадцать дней после данного рескрипта последовал мудрый указ императрицы, провозглашавший Севастополь открытым для торговли.
В Артиллерийской бухте возвели пристань и склады. В город устремились купцы и ремесленники, приезжал на постоянное жительство различный рабочий люд.
На 10 февраля в бухте уже находилось 26 кораблей с четырьмя тысячами матросов и офицеров. 21 февраля русское правительство объявило о свободной и беспрепятственной торговле заграничных и местных купцов в Севастополе, доставляющих товар как морским, так и сухопутным путем. Весной этого же года в городе появились первые торговые суда керченских и таганрогских купцов. В честь основания Севастополя в Петербурге отчеканили специальную памятную медаль. В 1804 году русское правительство официально объявил Севастополь главным военным портом Черноморского флота, а в 1809 году — военной крепостью.
За время существования город оправдывал своё название не раз.
Жители города не раз прославили свой город в сражениях — в Крымскую войну 1854-1855 годов, Великую Отечественную.
За героизм, проявленный севастопольцами в Великую Отечественную войну, Севастополю присвоено звание Города-героя.
В настоящее время Севастополь, будучи колыбелью Черноморского флота России, является базой Черноморского флота Российской Федерации.